Flogging Molly nacieron en una de las muchas tabernas de los nietos de los emigrantes irlandeses de principios del siglo pasado que huyeron de la Gran Hambruna que mató a un millón de personas e hizo emigrar a otro millón y medio. Muy influenciados por la música de sus antepasados, comenzaron a tocar en la taberna de Molly Malones, en Los Angeles, dotando al folk irlandés de bandas como The Dubliners de otro tipo de música, más parecido a The Pogues.

La banda surge en 1997 durante pequeñas actuaciones en la taberna Molly Malones, donde llegaron a autoproducirse su primer disco grabado delante de su público: «Alive Behind the Green Door». No es muy común que una banda recién creada lance, como disco debut, un álbum en directo, pero gracias a este trabajo SideOneDummy Records se fijaron en ellos y les ficharon para la grabación del segundo álbum. «Swagger» fue el título elegido para grabar su primer álbum de estudio en 2000, lo que les sirve para embarcarse en una gira por ambos lados del Atlántico llegando a su Irlanda natal.

En 2002, la banda lanza Drunken Lullabies (Nanas de borrachos) donde se incluye uno de los éxitos más importantes de la banda, el single autotitulado Drunken Lullabies. El álbum en sí también fue un gran éxito, consiguiendo entrar en el puesto 157 del Billboard estadounidense. Dos años más tarde la banda lanza Within a Mile of Home que logra un espectacular 20º puesto en el Billboard de 2004. En 2006, Flogging Molly lanza Whiskey on a Sunday, su cuarto álbum de estudio, y un año más tarde Complete Control Sessions, un EP que viene a ser el primero en su carrera. En marzo de 2008 lanzaron el que hasta la fecha es su último disco, «Float», aunque dos de sus canciones ya habían sido editadas con anterioridad.