Nació el 4 de febrero de 1948 en Málaga, España. Su enorme afición por el cante y el baile flamenco desde muy niña la llevan a adquirir una sólida formación en esos campos, integrándose en los Coros y Danzas de su ciudad natal.

El director de cine Luis Lucía Mingarro le lanza al estrellato con Un rayo de luz y luego trabajará con él en cuatro películas más Ha llegado un ángel, «Tómbola» con su famosa canción La vida es una tómbola, Las cuatro bodas de Marisol y Solos los dos.

Fue considerada como uno de los símbolos de la infancia en los años 60, llegando a bailar para altas autoridades incluyendo el dictador Francisco Franco. Obtuvo un premio a la mejor actriz con Los días del pasado en el Festival de Karlovy Vary.

Tras su adolescencia decidió cambiar su nombre artístico por su nombre real: Pepa Flores y sus últimas películas fueron Bodas de sangre (1981) y Carmen (1983), con Carlos Saura y Caso cerrado (Juan Caño, 1985). Asimismo, en 1984 interpretó el papel de «Mariana Pineda» en la serie de TVE Proceso a Mariana Pineda, dirigida por Rafael Moreno Alba.

Discográficamente realizó una brillante carrera que abracra desde 1960 a 1983 y en la que se comprueba su evolución de niña prodigio a mujer comprometida. Ha cantado a Serrat, augusto Algueró, Juan Pardo, Los Brincos, Manuel Alejandro y Luis Eduardo Aute entre otros muchos, siendo su mayor éxito el LP Haáblame del mar, marinero, editado en 1976. Entre 1960 y 1962 grabó para Montilla, y en 1963 el sello Zafiro se hizo con los derechos de todas esas grabaciones y de su contrato, que mantuvo vigente hasta su despedida en 1983 ya como Pepa Flores y con el álbum Clima.

Tiene tres hijas de su unión con el bailarín Antonio Gades. Una hija es también actriz, llamada María Esteve. Su hija menor, Celia Flores, es cantante de flamenco pop y también cantaora para la Compañía de Ballet Antonio Gades. Su otra hija es psicóloga y vive apartada del mundo artístico.

Pepa Flores actualmente reside en Málaga con su marido y está retirada de la vida pública pero muy dedicada a actos caritativos. Pertenece a la Fundación A. Sandino de Nicaragua y es madrina de la Asociación Malagueña de Esclerosis Múltiple con la que cumple semanalmente con visitas de voluntaria a uno de sus talleres.