La banda surgió cuando el guitarrista Billy Howerdel tenía la posición de técnico de guitarras en la banda Tool, durante la grabación del álbum Ænima. Howerdel le entregó unos demos al vocalista de Tool, Maynard James Keenan, quien se propuso a sí mismo como vocalista con arreglos de voz.

Se dice que el proyecto original de Billy Howerdel suponía temas muy largos, lo suficiente como para ser la banda sonora completa de una película, además de tener una voz femenina.

Posteriormente se les unieron Paz Lenchantin, Josh Freese y Troy Van Leeuwen y grabaron su primer álbum Une Cascade De Prénoms Pour Une Mer De Noms (cuya traducción del francés es «una cascada de nombres para un mar de apellidos»), simplificado en el conocido «Mer De Noms», donde la mayoría de los tracks poseen nombres personales, como «Magdalena», «Judith», «Rose», «Thomas», «Orestes», etc.

Durante un tiempo de descanso, se separaron Paz Lenchantin (yéndose a Zwan) y Troy Van Leeuwen (a Queens of the Stone Age), y entonces se les unieron Jeordie White, también conocido como Twiggy Ramirez, debido a su posición en la banda Marilyn Manson, y James Iha, guitarrista de la desmembrada banda The Smashing Pumpkins.

Con la nueva formación sale el álbum Thirteenth Step, con un sonido considerado más tranquilo, para el 2 de noviembre de 2004, coincidiendo con las elecciones presidenciales en EE. UU., se lanza el álbum eMOTIVE, disco de covers a bandas como Depeche Mode, Devo, entre otras.
El disco incluye 2 temas «originales». El primero, «Passive» es en realidad un cover compuesto por Trent Reznor (Nine Inch Nails) en un proyecto que nunca vio la luz y el segundo «Counting bodies like sheep to the rhythm of the war drums» es una suerte de remix de «Pet», del disco «Thirteenth Step».
Junto a este álbum, se lanzó también el paquete aMOTION, que incluye un DVD con presentaciones en vivo y todos los videos de la banda, así como también se incluye un CD de remezclas.

En este paquete, se menciona la formación de A Perfect Circle de la siguiente manera: Maynard James Keenan, Billy Howerdel, Josh Freese, Danny Lohner (de Nine Inch Nails), Paz Lenchantin, Troy Van Leeuwen, Jeordie White, James Iha y Tim Alexander…

miembros:
Principales

Maynard James Keenan – Vocalista (1999–present)

Billy Howerdel – Guitarra Ritmica y coros(1999–present)

Josh Freese – Baterista (1999–present)

Formacion

Tim Alexander – Bateria (1999)

Troy Van Leeuwen – Guitarra Ritmica (1999–2002)

James Iha – Guitarra Ritmica (2003–2004)

Jeordie White – Bajo (2003–2004)

Paz Lenchantin – Bajo, voces, piano, violin (1999–2002, 2004)

Danny Lohner – Guitarra Ritmica (1999–2002, 2004), Ingeniero de Sonido(1999–2004)

discografia :
* Mer de Noms (2000)
* Thirteenth Step (2003)
* eMOTIVE (2004)
* aMOTION(2004)